فوايد استفاده از كودهاي حيواني (گاوي ، گوسفندی و مرغی ) بر هيچ باغداری پوشيده نيست. اخيرا كودهای ديگری به نام كودهای آلی فرآوری شده بعنوان جايگزين كودهای حيوانی قديمی در بازار ارائه مي شوند. از آنجائیکه بسياری از باغداران راجع به استفاده از اين كودها ترديدهای دارند. لذا به مسايلی كه بايد هنگام خريد اين كودها مد نظر قرار گيرد اشاره مي شود : موضوع مهم ديگری كه در هنگام مقايسه ارزش كودهای حيوانی و فرآوری شده لازم است مد نظر قرار گيرد، ميزان ماندگاری هوموس در خاك است. برحسب اظهار نظر متخصصين اين رشته ، ماندگاری هوموسهایی كه از منابع گياهی حاصل شده اند بیش از آنهایی است كه از منابع حيوانی هستند.
شايد يكي از دلايل استقبال از كودهاي فرآوري شده در مقايسه با كودهای حيوانی، بدون آنكه استدلالات روشنی به لحاظ تفاوت ظاهری در كيفيت آنها باشد ، همين مطلب است. اگر چه لازم است در اين موضوع بررسی بيشتری صورت پذيرد؛به هر حال،مسلم آن است که با توجه به اينكه خاك باغات بسيار فقيرند ، ميزان تغذيه با كود آلی و فرآوری شده را بايد با حداقل 3 تن و حداكثر 10 تن در هكتار برنامه ريزی كرد. در این رابطه باید توجه نمود که اولاً، کود های دامی و کودهای آلی فرآوری شده بیشتر از آن که ارزش غذایی برای گیاه داشته باشند باید بعنوان اصلاح کننده ساختمان و ساختار خاک استفاده شوند تا از این طریق جذب مواد غذایی برای گیاه آسان‌تر شود.
به همین دلیل استفاده از کودهای آلی باید بصورت یک دوره تناوب چند ساله انجام شود. ثانیا، همانطور که بیان شد استفاده از انواع کودهای دامی برای خاک بسیار مفید است، اما اگر از کود دامی تازه استفاده شود این موضوع می تواند سبب مسمومیت گیاه شود زیرا فرآیند تجزیه این کودها در خاک انجام می شود و طی این فرآیند، گازهایی تولید می شود که برای ریشه گیاه مضر می باشند .اغلب کودهای حیوانی که کشاورزان استفاده می کنند به صورت تازه یا غیر اصولی تهیه شده اند و از کارایی لازم برخوردار نیستند. در زیر معایب استفاده از کودهای حیوانی تازه و نیز اصول فرآوری درست این کودها به صورت مختصر توضیح داده شده است.